半年前的一连串遭遇,彻底改变了三年级小学生高町奈叶(田村由香里 配音)的人生,她以魔法少女的身份邂逅了可嗳的小伙伴一切发生的就像快动作似的,在附近的特别异能小组成员发现异常情况后,赶到卫府之前,巨力老人尉迟镛和大元帅卫柱国就全部重伤将死了,还好最后时刻,特别异能小组的人都赶到了,上百高手的增援终于打退了那批袭击卫府的黑衣人,要不然尉迟镛和卫柱国怕是早已经魂归地府了。尤诺·斯克莱亚(水桥香织 饰),并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎(水树奈奈 配音)成为莫逆好友。新学期开始,菲特以小学生的身份转入奈叶的班级,一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚,奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔(真田麻美 配音)等三名违法渡行者的袭击,她们的魔导器也被破坏。 新的危机,新的对手,一切朝着不可预知的方向发展……